Na każdym etapie udzielania świadczeń zdrowotnych Wielkopolskie Centrum Medycyny Pracy dba o ich wysoką jakość poprzez systematyczną kontrolę wewnętrzną, szkolenia pracowników oraz monitorowanie oczekiwań i zadowolenia pacjentów z realizowanych przez Wielkopolskie Centrum Medycyny Pracy usług. Potwierdzeniem sprawnie funkcjonującego systemu zarządzania jakością jest uzyskanie w 2006 roku przez  Wielkopolskie Centrum Medycyny Pracy certyfikatu Systemu Zarządzania Jakością wg normy PN-EN  ISO 9001, w kolejnych latach recertyfikowanej według aktualnie obowiązujących norm.