Wartość majątku określają:
1. Fundusz założycielski
2. Fundusz Wielkopolskiego Centrum Medycyny Pracy
Gospodarka finansowa jest prowadzona na podstawie przepisów ustawy o rachunkowości oraz Statutu Wielkopolskiego Centrum Medycyny Pracy.
Wielkopolskie Centrum Medycyny Pracy samodzielnie gospodaruje przekazanymi w nieodpłatne użytkowanie nieruchomościami i majątkiem Samorządu Województwa Wielkopolskiego oraz majątkiem własnym - zakupionym lub otrzymanym.