Wielkopolskie Centrum Medycyny Pracy w formie samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej prowadzi gospodarkę finansową na zasadach określonych w ustawie o działalności leczniczej i ustawie o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, ustawie o finansach publicznych i ustawie o rachunkowości.